釉质及冠部牙本质形成之后，牙根开始发生，上皮根鞘对牙根的正常发育是很重要的，如上皮根鞘的连续性受到破坏，或在根分叉处上皮隔的舌侧突起融合不全，或上皮根鞘围绕血管生长则不能诱导分化出成牙本质细胞而引起该处牙本质缺损，牙髓和牙周膜直接通过，就形成了侧副根管、根尖分歧及管间交通支。侧支根管（lateral canal)是指与主根管接近垂直的分支根管，直达牙根表面，见于根尖1/3以上的牙根，多见于后牙，偶见于前牙。副根管（accessory canal)是发自髓室底至根分叉处的细小分支，多见于磨牙。根尖分歧是根尖1/3部分从主根管发生的分歧根管，侧副根管、根尖分歧可能会成为牙髓病与牙周病相互影响的通道，亦给根管治疗增加了复杂性。